本发明公开了一种用于水稻野败细胞质雄性不育基因WA352检测的功能标记,功能标记包括CMS‑1引物和CMS‑2引物;其中的核苷酸序列为5′→3′,所述CMS‑1引物的正向序列如SEQ ID No.1所示,其反向序列如SEQ ID No.2所示;所述CMS‑2引物的正向序列如SEQ ID No.3所示;其反向序列如SEQ ID No.4所示。本发明还公开了一种利用上述的功能标记检验样品是否含有WA352基因的方法,这些功能标记的开发将有助于将不育基因WA352导入不同的水稻遗传背景中,进而利用功能标记辅助选择技术快速高效地筛选到新的水稻野败细胞质雄性不育系。