本发明涉及一种柔嫩艾美耳球虫蛋白磷酸酶基因及其表达方法和应用。其中,柔嫩艾美耳球虫蛋白磷酸酶基因,具有编码SEQ ID NO.1的氨基酸序列。本发明利用RACE技术,首次扩增到E.tenella的丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(EtPP)基因,该基因全长2562bp,含有完整的1647bp ORF,编码549个氨基酸,理论分子量为60822.4Da,分子式为C2705H4235N739O803S27,等电点为5.89,带负电荷的氨基酸总数(Asp+Glu)为71个,带正电荷的氨基酸总数(Arg+Lys)为62个,总体偏酸性。抗原位点分析发现有19个可能的抗原位点。本发明将该基因连接到原核表达载体pET-28a中,构建了原核表达重组质粒pET-28a-EtPP,并实现了在大肠杆菌BL21(DE3)系统中的表达,表达的融合蛋白以包涵体形式存在,并采用His·Bind树脂纯化法获得重组融合蛋白EtPP,为后续开展新药靶位的筛选和确认奠定了理论基础,解决了球虫耐药性的客观难题,具有广阔的市场前景和经济效益。