本发明公开了一种与豇豆耐盐相关性状紧密连锁的InDel分子标记及其引物和应用。一种与豇豆耐盐相关性状紧密连锁的InDel分子标记,该InDel分子标记为以SEQ ID NO.1所示的上游引物和SEQ ID NO.2所示的下游引物对耐盐豇豆品种苏紫41基因组DNA进行PCR扩增得到的SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。用于扩增本发明所述的InDel分子标记的引物对,上游引物如SEQ ID NO.1所示,下游引物如SEQ ID NO.2所示。利用该标记及其引物进行辅助选择,可以快速筛选豇豆耐盐株系用于豇豆耐盐性育种,提高育种的准确性和选择效率,节约成本。