本发明公开了一种神经肽Natalisin和其受体基因及在桔小实蝇特异性控制剂中的应用,提供了桔小实蝇神经肽Natalisin基因如SEQ ID NO:9所示,其编码的蛋白质如SEQ ID NO:10所示;还提供桔小实蝇神经肽Natalisin成熟肽的核苷酸序列如SEQ ID NO:11~13所示,其编码的蛋白质如SEQ ID NO:14~16所示;还提供桔小实蝇神经肽Natalisin受体基因如SEQ ID NO:17所示,其编码的蛋白质如SEQ ID NO:18所示;还提供上述核苷酸和氨基酸序列的应用,桔小实蝇神经肽Natalisin和其受体基因的巢式PCR扩增方法。