本发明涉及植物DNA指纹图谱技术领域,具体公开了蔓越桔的一种DNA指纹图谱及其获取方法与专用引物。所述获取蔓越桔DNA指纹图谱的专用引物,由序列表的序列SEQ ID No:1~SEQ ID No:3组成。本发明提供的方法包括如下步骤:提取蔓越桔的基因组DNA;以基因组DNA为模板,利用所述专用引物进行SSR‑PCR扩增;将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳(2%)检测并利用毛细管电泳技术(CE)进行分离,利用ABI3730 xI全自动基因分析仪进行分析,记录各样品的条带大小情况,并获得相应的峰图,即构建蔓越桔的DNA指纹图谱。本发明获得的蔓越桔DNA指纹图谱多态性高、指纹丰富、重复性好,在提高蔓越桔选择育种的准确性和效率,缩短育种周期,以及蔓越桔的分子标记辅助育种中发挥重要作用。