The invention relates to methods of modifying a plastid genome using sequence specific nucleases, as well as reverse transcriptase polypeptides and plastid modification cassettes. The invention further relates to methods of modifying a plastid or a mitochondrial genome using ATP-dependent DNA ligase D (LigD) and DNA-binding protein Ku (Ku). Also included are the plants, plant cells, and seeds produced by these methods.Linvention concerne des procédés de modification dun génome plastidial à laide de nucléases spécifiques à une séquence, ainsi que des polypeptides de transcriptase inverse et des cassettes de modification de plaste. Linvention concerne en outre des procédés de modification dun plaste ou dun génome mitochondrial à laide dADN ligase D ATP-dépendante (LigD) et de la protéine de liaison à lADN Ku (Ku). Linvention concerne également les plantes, les cellules végétales et les graines produites par ces procédés.