本发明提供了一种用于盖塔病毒实时荧光定量检测体系,包括用于扩增盖塔病毒基因序列的引物组以及拥有捕获盖塔病毒基因序列的探针,所述引物组由具有SEQ ID No.1所示碱基序列的上游引物,具有SEQ ID No.2所示碱基序列的下游引物组成,所述探针具有SEQ ID No.3所示碱基序列。该检测体系中所包含的引物组和探针特异性强,重复性好,灵敏度高,检测的最低模板量可以达到2.03x101copies/μl,而普通的RT‑PCR方法最低只能检测到2.03x105copies/μl,其灵敏度可以达到常规的RT‑PCR技术的10000倍。