The present disclosure provides endoscopic instruments and energy-based disinfection systems and methods for use with these instruments. A disinfection system for use with an endoscopic instrument includes a catheter having an elongate shaft with a distal end configured for advancement through a lumen within the endoscopic instrument, at least one energy transmission element disposed on the elongate shaft and a power source coupled to the energy transmission element. The power source is configured to generate energy at the energy transmission element sufficient to disinfect at least a portion of the lumen of the endoscopic instrument. The power source and the energy transmission element may be configured to generate a non-thermal plasma with sufficient energy to destroy biofilm, bacteria or other pathogens on the endoscopic instrument.La présente invention concerne des instruments endoscopiques et des systèmes de désinfection à base d'énergie et des procédés d'utilisation avec ces instruments. Un système de désinfection pour l'utilisation avec un instrument endoscopique comprend un cathéter ayant une tige allongée avec une extrémité distale configurée pour avancer à travers une lumière à l'intérieur de l'instrument endoscopique, au moins un élément de transmission d'énergie disposé sur la tige allongée et une source d'énergie couplée à l'élément de transmission d'énergie. La source d'énergie est configurée pour générer de l'énergie au niveau de l'élément de transmission d'énergie suffisamment pour désinfecter au moins une partie de la lumière de l'instrument endoscopique. La source d'énergie et l'élément de transmission d'énergie peuvent être configurés pour générer un plasma non thermique avec suffisamment d'énergie pour détruire le biofilm, les bactéries ou d'autres agents pathogènes sur l'instrument endoscopique.