本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种水稻雄性育性调控基因突变体及其分子标记和应用。本发明提供的水稻雄性育性调控蛋白GMS2突变体可使水稻花粉完全不育,导致水稻雄性不育,GMS2突变体的基因组核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示,CDS序列如SEQ ID NO:7所示,氨基酸序列如SEQ ID NO:8所示。利用本发明的核不育突变体可培育新的核不育系,为水稻核不育系培育提供了一个简单、迅速、有效的方法。本发明的核不育水稻材料可用于在水稻杂交时取代人工去雄,节约劳力,尤其可用于需要进行大量杂交的轮回选择育种,对扩大水稻的种质基础具有重要作用。