Disclosed herein are nucleotide analogs with protected phosphates, methods of synthesizing nucleotide analogs with protected phosphates and methods of treating diseases and/or conditions such as viral infections, cancer, and/or parasitic diseases with the nucleotide analogs with protected phosphates.本明細書中には、保護されたホスファートを有するヌクレオチドアナログ、保護されたホスファートを有するヌクレオチドアナログを合成する方法、ならびに、疾患および/または状態(例えば、ウイルス感染症、ガンおよび/または寄生虫疾患など)を、保護されたホスファートを有する本発明のヌクレオチドアナログにより処置する方法が開示される。