本发明属于植物基因工程领域。具体的说,本发明涉及一种利用图位克隆技术克隆水稻FLN2基因,以及利用转基因互补实验鉴定该基因的功能;同时还涉及利用该基因研究对水稻叶绿体发育的影响,可用以解决杂交稻育种过程中杂种的剔除,提高种子的纯度。具体而言,本发明公开了一种水稻质体发育调控基因FLN2编码的蛋白质,该蛋白质为SEQ ID No:3所示的氨基酸序列。本发明还公开了编码上述蛋白质的基因FLN2,该基因FLN2为SEQ ID No:1和2所示的核苷酸序列。该基因能用于构建转基因水稻,所述转基因水稻的叶片颜色得到改良。