本发明提供了猪流行性腹泻病毒变异株检测用引物及其检测试剂盒,属于生物技术领域。所述正向引物PEDV-VF(SEQ ID NO.1)5’-TTGGTGAAAACCAGGGTGTC-3’和反向引物PEDV-VR(SEQ ID NO.2):5’-CAACACTATGTTCACTCA-3’。本发明还进一步提供了检测猪流行性腹泻病毒变异株的检测试剂盒。其检测方法以总RNA为模板,利用上述引物进行反转录PCR(RT-PCR)扩增,反应结束后根据扩增片段的位置判定结果。本发明的引物特异性好,检测方法快速简单,准确性高,为猪流行性腹泻病毒变异株的检测提供了保证。