本发明公开了一种小麦SSR指纹图谱构建方法,属于农业的小麦育种与应用技术领域。它首先提取供试品种的DNA,然后用如序列表SEQ ID No.1~26所示的13对基本核心SSR荧光标记引物和如序列表SEQ ID No.27~50所示的12对扩展核心SSR荧光标记引物分别对供试品种DNA进行PCR扩增;PCR产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测或者五色荧光毛细管电泳检测构建小麦品种的SSR指纹图谱。本发明可以在实验室根据SSR位点的多态性,利用PCR扩增、凝胶电泳和毛细管电泳技术鉴定小麦品种,在时间上充分提高了试验效率,具有快速、准确、操作方便等优势,并且鉴定结果不易受环境影响。