The present invention discloses a method for determining the molar ratio of wild type (WT) BRAF protein to its protein variant in a biological sample, comprising the following steps. a) Digesting the sample by using a serine proteinase that specifically cleaves the C-terminal peptide bond to a glutamic acid residue, or the C-terminal peptide bond to a glutamic acid or aspartic acid residue, and digests the peptide with a proteinase. Obtaining a composition comprising the resulting peptide fragment, wherein the mass of said fragment differs between said wild type (WT) B-raf protein and one of said BRAF protein variants. b) Using mass spectrometric techniques, the molar amounts of peptide fragments resulting from the digestion of wild-type (WT) B-raf protein and the digestion of mutants of wild-type (WT) B-raf protein. Quantitatively assaying the peptide fragments for molar amounts. And c) calculating at least one specific ratio between the WT BRAF protein and the variant thereof based on a quantitative assessment. Further, a method for estimating a subject's susceptibility to a given drug treatment for a BRAF-related disease. Additionally, a method of treatment for a subject having a BRAF-related disease. [Selection diagram] Figure 1本発明は、以下のステップを含む、生物学的サンプル中の野生型（ＷＴ）ＢＲＡＦタンパク質とそのタンパク質変異体とのモル比を定めるための方法を開示している。ａ）グルタミン酸残基に対するＣ末端のペプチド結合、またはグルタミン酸もしくはアスパラギン酸残基に対するＣ末端のペプチド結合を特異的に切断するセリンプロテイナーゼを用いることによって前記サンプルを消化して、プロテイナーゼによるペプチドの消化によってもたらされたペプチドフラグメントを含む組成物を得るステップであって、前記フラグメントの質量は前記野生型（ＷＴ）Ｂ－ｒａｆタンパク質と１つの前記ＢＲＡＦタンパク質変異体とで異なる。ｂ）質量分析技術を用いて、野生型（ＷＴ）Ｂ－ｒａｆタンパク質の消化からもたらされたペプチドフラグメントのモル量と、野生型（ＷＴ）Ｂ－ｒａｆタンパク質の変異体の消化からもたらされたペプチドフラグメントのモル量とを定量的にアッセイするステップ。および、ｃ）定量的評価に基づいて、前記ＷＴ ＢＲＡＦタンパク質とその前記変異体との少なくとも１つの特異的比率を算出するステップ。さらに、ＢＲＡＦ関連疾患のための所与の薬物処置に対する対象の感受性を推定するための方法。加えて、ＢＲＡＦ関連疾患を有する対象のための処置の方法。【選択図】図１
