Provided herein are methods and compositions for dynamically controlling and targeting multiple arms of the immune system. In some aspects, mesenchymal stem cells (MSCs) modified to produce multiple effector molecules are provided. In some cases, each effector molecule regulates a different cell type of the immune system or a different function of the cell. Also provided herein are methods of using MSCs, for example, to treat or reduce symptoms of inflammatory bowel disease (IBD).本明細書において、免疫系の複数のアームを動的に制御し、標的とするための方法および組成物が提供される。いくつかの局面において、複数のエフェクター分子を産生するように改変された間葉系幹細胞(MSC)が提供される。いくつかの場合において、各エフェクター分子は、免疫系の異なる細胞型または細胞の異なる機能を調節する。例えば、炎症性腸疾患(IBD)の症状を処置するかまたは軽減するためにMSCを使用する方法も、本明細書において提供される。