本发明提供了一种用于筛选抗枯萎病香蕉品种的基因标记物,包含标记基因MaDAHPS1、MaEPSPS1、MaICS、MaCAD1和MaC4H2中的一种或多种,MaDAHPS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,MaEPSPS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,MaICS的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示,MaCAD1的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,MaC4H2的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。本发明采用水杨酸代谢途径关键基因MaDAHPS1、MaEPSPS1、MaICS、MaCAD1和MaC4H2中的一种或多种作为基因标记物,可以用于香蕉抗枯萎病早期筛选,为育种的早期鉴定提供了技术保障。