本发明公开了水稻花药特异性表达的启动子POsFT1及其应用。本发明提供的水稻花药特异性表达的启动子POsFT1为如下a)‑c)中任一所述的DNA分子:a)SEQ ID No.1所示DNA片段;b)与a)限定的核苷酸序列具有99%以上、95%以上、90%以上、85%以上或者80%以上同源性,且来源于水稻并具有启动子功能的DNA片段;c)在严格条件下与a)或b)限定的核苷酸序列杂交,且具有启动子功能的DNA片段。通过实验证明:本发明的启动子POsFT1可有效启动目的基因在花药中的特异性表达,从而有效避免外源基因在植物其他组织中持续表达所带来的不利影响。