本发明公开了一种植物储藏蛋白合成相关蛋白F690及其编码基因与应用。本发明通过水稻储藏蛋白合成突变体F690的表型分析和目标基因的初步定位,最终克隆得到储藏蛋白合成相关蛋白F690,该相关蛋白由SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列组成,或将SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且仍具有储藏蛋白合成相关的由序列SEQ ID NO.1衍生的蛋白质。本发明的储藏蛋白合成相关蛋白影响水稻胚乳中储藏蛋白的合成过程,将所述蛋白的编码基因导入储藏蛋白含量异常的植物中,可以得到储藏蛋白含量正常的转基因植物,因此,本发明所述蛋白及其编码基因可以应用于植物遗传改良。