Method and systems, for processing biological material, that contain a biological material in a vessel add an aggregating agent to the material in the vessel and allow the material to separate into two or more distinct submaterials extract one or more of the submaterials from the vessel automatically transport one or more of the submaterials remaining in the vessel to a filtration device and collect a resulting target retentate into a target retentate receptacle.La présente invention concerne un système et un procédé permettant de traiter une matière biologique contenue dans un récipient. Le procédé consiste à ajouter un agrégant à la matière dans le récipient, à laisser la matière se séparer en au moins deux sous-matières distinctes, à extraire lune ou plusieurs des sous-matières du récipient, à transporter automatiquement lune ou plusieurs des sous-matières restantes jusquà un dispositif de filtration, et collecter un rétentat cible résultant dans un réceptacle de rétentat cible.