Methods of identifying specific epitopes misfolded forms of proteins and system is provided. From the model representing the structure of said protein, set of one or more amino acid residues are selected free energy of unfolding in each set are determined whether all probability unfolding is above the minimum probability or unfolding, free energy epitopes from the set below the minimum of energy is identified in. In another aspect, the present invention is a disease diagnosed and treated, also for screening samples for the presence of epitope identified by epitope prediction method, provides for the use of such epitopes and related antibodies.タンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定する方法およびシステムが提供される。前記タンパク質の構造を表わすモデルから、1または複数のアミノ酸残基のセットが選択され;各セットのアンフォールディングの自由エネルギーが決定され;アンフォールディングの全確率が最小の確率を上回るか、またはアンフォールディングの自由エネルギーが最小のエネルギーを下回るセットからエピトープが同定される。他の態様において、本発明は、疾患を診断および治療し、また、エピトープ予測法により同定されるエピトープの存在について試料をスクリーニングするための、このようなエピトープおよび関連抗体の使用を提供する。
