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DUMBBELL-PCR: A METHOD TO QUANTIFY SPECIFIC SMALL RNA VARIANTS WITH A SINGLE NUCLEOTIDE RESOLUTION AT TERMINAL SEQUENCES
专利权人:
THOMAS JEFFERSON UNIVERSITY
发明人:
KIRINO, Yohei,HONDA, Shozo
申请号:
USUS2016/048075
公开号:
WO2017/035090A1
申请日:
2016.08.22
申请国别(地区):
WO
年份:
2017
代理人:
摘要:
A method for specifically and efficiently quantify the expression of targeted RNA variants with specific terminal sequences suitable to identify multiple isoforms bearing complex heterogeneity in terminal sequences by hybridizing a 5-Dbs-adapter to the 5-end of target RNAs, wherein the 5-Dbs-adapter has a stem-loop structure whose protruding 5-end base-pairs 5-end of target RNAs, and wherein the loop region of 5-Dbs-adapter contains a base-lacking spacer which will terminate reverse transcription in a subsequent step hybridizing a 3-Db-adapter to the 3-end of target RNAs, wherein the 3-Db-adapter has a stem-loop structure whose protruding 3-end base-pairs 3-end of target RNAs ligating the both adapters with target RNAs by Rnl2 ligation to form "dumbbell-like" structure and, amplifying and quantifying the ligation product by TaqMan RT-PCR.Linvention concerne un procédé pour quantifier spécifiquement et efficacement lexpression de variants ciblés dARN présentant des séquences terminales spécifiques, approprié pour identifier de multiples isoformes portant une hétérogénéité complexe dans les séquences terminales par hybridation dun adaptateur 5-Dbs à lextrémité 5 des ARN cibles, ladaptateur 5-Dbs présentant une structure de type tige-boucle dont les paires de bases en saillie de lextrémité 5 terminent lextrémité 5 dARN cibles et la région de boucle de ladaptateur 5-Dbs contenant un espaceur dont une base est absente qui terminera la transcription inverse dans une étape ultérieure hybridation dun adaptateur 3-Db à lextrémité 3 des ARN cibles, ladaptateur 3-Db présentant une structure de type tige-boucle dont les paires de bases en saillie de lextrémité 3 terminent lextrémité 3 dARN cibles ligature des deux adaptateurs aux ARN cibles par une ligature Rnl2 pour former une structure de type "dumbbell" (haltère) et amplification et quantification du produit de ligature par RT-PCR TaqMan.
来源网站:
中国工程科技知识中心
来源网址:
http://www.ckcest.cn/home/
相关发明人
honda, shozo
kirino, yohei
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意 见 箱

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