Synthetic representative HCV subtypes, including a 1a and 1b genome, dubbed Bole1a and Bole1b, are provided using an inventive method of Bayesian phylogenetic tree analysis, ancestral sequence reconstruction and covariance analysis. Bole1a branches centrally among 390 full-genome sequences used in its design, a carefully curated 143 sequence full-genome dataset, and separate genomic regions including an independent set of 214 E1E2 sequences from a Baltimore cohort. Bole1a is phylogenetically representative of widely circulating strains. Full genome non-synonymous diversity comparison and 9-mer peptide coverage analysis showed that Bole1a is able to provide more coverage (94% and 78% respectively) than any other sequence in the dataset including H77, a traditional reference sequence. Bole1a also provides unsurpassed epitope coverage when compared to all known T cell epitopes.L'invention concerne des sous-types synthétiques représentatifs du VHC comprenant les génomes 1a et 1b désignés Bole1a et Bole1b, qui sont produit en utilisant un procédé de l'invention de l'analyse de l'analyse bayésienne de l'arbre phylogénétique, la reconstruction de séquences ancestrales et l'analyse de covariance. Bole1a se ramifie centralement parme les 390 séquences complètes du génome utilisées dans sa conception, un ensemble de données soigneusement préparé portant sur le génome complet, et des régions génomiques séparées comprenant un ensemble indépendant de 214 séquences E1E2 provenant de la cohorte de Baltimore. Bole1a est représentatif du point de vue phylogénétique de souches largement en circulation. La comparaison de diversité sans synonymie du génome complet et l'analyse de couverture du peptide 9-mère ont montré que Bole1a est capable d'assurer une couverture plus importante (94% et 78%, respectivement) que n'importe quelle autre séquence dans un ensemble de données comprenant H77, une séquence de référence traditionnelle. Bole1 fournit aussi une couverture d'épitope jusqu'à pré
