The invention relates to a method of imaging at least two chemical species using magnetic resonance imaging with signal separation for the two chemical species, the method comprising: - acquiring first and second echo data at different echo times resulting in a first and second acquired complex dataset, - modelling the first and second acquired dataset, said modelling comprising a spectral signal model of at least one of the chemical species, - identifying in the first and second acquired dataset the voxels for which the modelling yields a single, unambiguous mathematical solution for the signal separation, and - resolving the ambiguity for the voxels for which the modelling yields more than one mathematical solution, if any such voxels remain.L'invention porte sur un procédé d'imagerie d'au moins deux espèces chimiques en utilisant une imagerie par résonance magnétique avec séparation des signaux pour les deux espèces chimiques, le procédé comprenant : - acquisition de premier et deuxième jeux de données d'écho à différents temps d'écho, conduisant à un jeu de données complexes acquis, - modélisation des premier et deuxième jeux de données acquis, ladite modélisation comprenant un modèle de signaux spectraux d'au moins l'une des espèces chimiques, - identification, dans les premier et second jeux de données acquis, des voxels pour lesquels la modélisation donne une solution mathématique unique, non ambiguë, pour la séparation des signaux, et - résolution de l'ambiguïté pour les voxels pour lesquels la modélisation donne plus d'une solution mathématique, si de tels voxels subsistent.