Heteroplasmy mitochondrial DNA (mtDNA) markers and haplotypes of susceptibility or predisposition to atherosclerosis, coronary heart disease (CHD) and subdiagnosis of atherosclerosis and CHD and related medical conditions are disclosed. The biomarkers may be selected from the following heteroplasmy makers: 652lns/del G A1555G C3256T T3336C G12315A G13513A G14459A G14846A G15059A. Methods and kits for diagnosis, subdiagnosis, and prediction of clinical course and efficacy of treatments for CHD, atherosclerosis and related phenotypes using heteroplasmy in the risk genes and loci and other related biomarkers are thus provided. Novel methods for prevention and treatment of atherosclerosis, CHD and related conditions based on the disclosed CHD genes, loci, polypeptides and related pathways are also provided.Linvention concerne des marqueurs dhétéroplasmie de lADN mitochondrial (ADNmt) et des haplotypes de susceptibilité ou de prédisposition à lathérosclérose, à la coronaropathie (CHD) et de sous-diagnostic de lathérosclérose, de la CHD et daffections médicales associées. Les biomarqueurs peuvent être choisis parmi les marqueurs dhétéroplasmie suivants: 652lns/del G A1555G C3256T T3336C G12315A G13513A G14459A G14846A G15059A. Linvention porte ainsi sur des méthodes et des trousses de diagnostic, de sous-diagnostic ou de prédiction du déroulement et de lefficacité clinique de traitements pour la CHD, lathérosclérose et des phénotypes associés à laide de lhétéroplasmie dans les gènes et loci à risque, et dautres biomarqueurs associés. Linvention concerne également de nouvelles méthodes de prévention et de traitement de lathérosclérose, de la CHD et daffections associées sur la base des gènes, loci, polypeptides de la CHD et des voies associées.