Provided is a method for inactivating a pathogenic microorganism even in the presence of an organic substance in a simple manner and with high reliability while reducing the burdens on the environment. An aqueous medium containing a pathogenic microorganism and an organic substance is treated by adding an active oxygen donor, chlorine dioxide and an active oxygen donor sequentially to the aqueous medium, thereby inactivating the pathogenic microorganism in the aqueous medium.Cette invention concerne un procédé d'inactivation d'un micro-organisme pathogène, même en présence d'une substance organique, d'une manière simple et à une fiabilité élevée tout en réduisant les impacts sur l'environnement, ledit procédé consistant à traiter un milieu aqueux contenant un micro-organisme pathogène et une substance organique par ajout d'un donneur d'oxygène actif, de dioxyde de chlore et d'un donneur d'oxygène actif successivement au milieu aqueux, pour inactiver ainsi le micro-organisme pathogène dans le milieu aqueux.有機物の存在下でも、病原性微生物を、環境への負荷を軽減しつつ、簡単かつ確実に病原性微生物を不活性化する方法を提供する。病原性微生物および有機物を含む水性媒体に、活性酸素供与体、二酸化塩素および活性酸素供与体を順次加えて水性媒体を処理し、前記水性媒体の病原性微生物を不活性化する。