本发明公开了一种番茄斑萎病毒属病毒即辣椒黄花环斑病毒基因序列(包括RNA或DNA分子)及其应用。所述的病毒基因序列的碱基序列如SEQ ID NO:1所示,能够编码病毒的核壳体蛋白(N)及非结构蛋白(NSs);或所述的病毒基因序列的碱基序列如SEQ ID NO:2所示,能够编码病毒的运动蛋白(NSm)和糖蛋白(Gn或Gc);或所述的病毒基因序列的碱基序列如SEQ ID NO:3所示,能够编码病毒的复制酶(RdRp)。应用为所述的病毒基因序列在制备检测辣椒黄花环斑病毒的检测试剂盒中的应用和所述的病毒基因序列在制备预防和/或治疗由辣椒黄花斑病毒引起的病害药物或试剂中的应用。