A method of determining tolerance to an agent in a healthy subject is disclosed. The method comprises: (a) determining a signature of a microbiome in a sample of the healthy subject who has been subjected to the agent or condition and (b) comparing the signature of the microbiome of the healthy subject to at least one reference signature of a pathological microbiome, wherein when the signature of the microbiome of the healthy subject is statistically significantly similar to the reference signature of the pathological microbiome, it is indicative that the healthy subject is intolerant to the agent.Linvention concerne un procédé de détermination de la tolérance à un agent chez un sujet sain. Le procédé comprend les étapes suivantes : (a) détermination dune signature dun microbiome dans un échantillon du sujet sain qui a été soumis à lagent ou à une condition et (b) comparaison de la signature du microbiome du sujet sain à au moins une signature de référence dun microbiome pathologique, dans lequel lorsque la signature du microbiome du sujet sain est statistiquement significativement similaire à la signature de référence du microbiome pathologique, cela indique que le sujet sain est intolérant à lagent.