The present invention provides: an endoscope system that enables preventing a failure in detecting a detection object when automatic object detection function is in use； and a method for operating the endoscope system. A comparison processing unit (74) performs comparison processing on first diagnosis identification data acquired during a first diagnosis and second diagnosis identification data acquired during a second diagnosis which is different from the first diagnosis. A notification control unit (76) performs control so as to provide notification about a failure in detecting a detection object when it is determined, as a result of the comparison processing, that there is a discrepancy in the detection object between the first diagnosis and the second diagnosis.La présente invention concerne : un système d'endoscope qui permet d'empêcher une défaillance dans la détection d'un objet de détection lorsque la fonction de détection d'objet automatique est en cours d'utilisation； et un procédé de fonctionnement du système d'endoscope. Une unité de traitement de comparaison (74) effectue un traitement de comparaison sur des premières données d'identification de diagnostic acquises pendant un premier diagnostic et des secondes données d'identification de diagnostic acquises pendant un second diagnostic qui est différent du premier diagnostic. Une unité de contrôle de notification (76) effectue un contrôle de façon à fournir une notification concernant une défaillance dans la détection d'un objet de détection lorsqu'elle est déterminée, en résultat du traitement de comparaison, qu'il y a une divergence dans l'objet de détection entre le premier diagnostic et le second diagnostic.検出対象の自動検出機能を用いる場合において、検出対象の見落としを防止することができる内視鏡システム及びその作動方法を提供する。比較処理部（７４）は、第１診断時に取得した第１診断時識別情報と、第１診断時と異なる第２診断時に取得した第２診断時識別情報との比較処理を行う。報知制御部（７６）は、比較処理の結果、第１診断時と第２診断時において検出対象の差異があると判定された場合に、検出対象の見落としを報知する制御を行う。
