本发明属于动物基因工程技术领域,具体涉及一种牛肉质相关基因CMYA1的克隆及应用,克隆的CMYA1基因mRNA序列如SEQ ID NO:1所述,其蛋白质序列如SEQ ID NO:2所述,在CMYA1基因的第2外显子1058bp处有一个SNP标记位点,为C/T突变,在第2外显子2168bp处有一个SNP标记位点,为C/T突变,用于检测SNP标记的引物序列如SEQ ID NO:3~6所示。将基因CMYA1中与牛肉质相关的SNP标记作为西门塔尔牛牛肉分子育种遗传标记。本发明为牛基因组数据库提供新的信息,为优质性状基因利用提供了参考,本发明公开的SNP多态性位点的应用为检测牛肉质提供了新的技术指标,为牛的标记辅助育种提供了新的标记。