本发明克隆了一个与耐盐性相关的水稻蛋白质激酶基因,并公开了其应用。所述蛋白质激酶基因编码的是一种促分裂原活化蛋白质激酶激酶激酶(即MAP3K),是下述蛋白质(i)或(ii):(i)具有序列表中的SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(ii)在(i)限定的氨基酸序列中经过取代、缺失或添加一至十个氨基酸残基且具有调控植物耐盐性功能的由(i)衍生的蛋白质。实验证明,将所述基因转化水稻可显著提高水稻对盐胁迫的耐受性,且对水稻的正常生长和经济性状没有明显的影响。本发明的蛋白及其编码基因对于植物逆境耐受性机制的研究,以及提高植物的耐盐性及相关性状的改良具有重要的理论及实际意义。