The present disclosure is related to a pharmaceutical equibiotic compositions comprising mixtures of plant extracts with antimicrobial activity on Heilcobacter pylori, and likewise comprising Psidium pumilum guadalupensis DC extracts, standardized in its content of glycosylbenzochromones and standardized extracts of Coptis chinesis standardized in their content of benzophenanthridines which confer to said compositions synergistic properties, characteristic that proves to be useful for the treatment of infections caused by said pathogen. Also, the compositions of the invention are capable of inhibiting the Helicobacter pylori strains growth which could be resistant to treatment with conventional antibiotic.La presente invención proporciona composiciones farmacéuticas equibióticas que comprenden mezclas de extractos de plantas con actividad antimicrobiana sobre Heilcobacter pylori, que comprenden extractos de Psidium pumilum guadalupensis D.C. estandarizados en su contenido de glicosilbenzocromonas y extractos de Coptis chinesis estandarizados en su contenido de benzofenantridinas, las cuales confieren a dichas composiciones propiedades sinérgicas, característica que resulta ser útil para el tratamiento de infecciones provocadas por dicho agente patógeno. Así mismo, las composiciones de la invención son capaces de inhibir el crecimiento de cepas de Helicobacter pylori resistentes al tratamiento con antibióticos convencionales.