The present invention relates to mesenchymal stem cells having immunomodulatory ability and a method for producing the same, and more particularly, to a mesenchymal stem cell having immunomodulatory ability treated with rapamycin; A mesenchymal stem cell in which at least one cell surface factor selected from the group consisting of CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR7, CCR9 and CXCR4 is expressed, a cell therapy composition for preventing or treating immune diseases including the mesenchymal stem cell, And a method for producing mesenchymal stem cells having immunomodulating ability. The rapamycin-treated mesenchymal stem cells treated with rapamycin have increased expression of IDO, TGF-beta, and IL-10, which are immunomodulatory factors, and the signal transduction factors of mTOR And the expression of Beclin1, ATG5, ATG7, LC3I, or LCII, which is an autophagy inducing factor, is increased in the cell, and the cell is treated with a cell therapy agent It has an effect of effectively treating immune diseases.본 발명은 면역조절능을 갖는 간엽줄기세포 및 이의 제조방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로 라파마이신이 처리된 면역조절능을 갖는 간엽줄기세포에 있어서; CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR7, CCR9 및 CXCR4로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 세포 표면인자가 발현되는 간엽줄기세포, 상기 간엽줄기세포를 포함하는 면역질환의 예방 또는 치료용 세포치료제 조성물 및 면역조절능을 갖는 간엽줄기세포의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 라파마이신(rapamycin)이 처리된 면역조절능을 갖는 간엽줄기세포는 면역조절능을 갖는 인자인 IDO, TGF-beta 및 IL-10의 발현이 증가되어 있고, mTOR의 신호전달 인자인 Phospho-mTOR, Rictor 및 Ractor의 발현은 감소되어 있으며, 자가포식 유도인자인 Beclin1, ATG5, ATG7, LC3I 또는 LCII의 발현이 상기 세포 내에서 증가되어 있는 세포로서, 이 세포를 면역질환 개체에 세포치료제로 사용하는 경우, 효과적으로 면역질환을 치료할 수 있는 효과가 있다.