本发明公开了一种来源于芜菁(Brassica rapa)的腈水解酶,编码基因及其在生物催化制备普瑞巴林手性中间体(S)-3-氰基-5-甲基己酸中的应用,所述腈水解酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示;本发明提供了一种高区域、高立体选择性水解制备(S)-3-氰基-5-甲基己酸的新腈水解酶,该腈水解酶水解底物浓度可达1M以上,且ee值保持在99%以上。通过该腈水解酶可制备普瑞巴林的重要手性中间体——(S)-3-氰基-5-甲基己酸;本发明中所述(S)-3-氰基-5-甲基己酸的制备方法具有原子经济性高、条件温和、环境友好等优点,具有较高的工业化应用潜力。