The present invention relates to a harmful animal extermination system using an unmanned flight device. More specifically, the present invention relates to a harmful animal extermination system using an unmanned flight device which is improved to exterminate harmful animals by using an unmanned flight device such as a drone and protect facilities, farmhouses, and inhabitants of a harmful animal appearing area which can be damaged by the harmful animals.본 발명은 무인비행장치를 활용한 유해동물 퇴치시스템에 관한 것으로, 보다 상세하게는 드론과 같은 무인비행장치를 활용하여 유해동물을 퇴치하고 피해를 받을 수 있는 시설 및 농가, 유해동물 출몰지역 주민을 보호할 수 있도록 개선된 무인비행장치를 활용한 유해동물 퇴치시스템에 관한 것이다.