本发明公开了一种小麦印度腥黑穗病菌检测标准分子,为能够进行复制的质粒,所述质粒中含有序列A和B中至少一种,A(Seq ID No.1)与小麦印度腥黑穗病菌线粒体DNA上一段2.3kb的核酸序列(AF218059)同源性为99.56%,B(Seq ID No.2)与小麦印度腥黑穗病菌核糖体内转录间隔区的DNA序列(AF399888)同源性为99.85%。本发明还公开了上述标准分子的制备和检测方法。本发明构建的标准分子可以代替小麦印度腥黑穗病菌DNA作为小麦印度腥黑穗病菌分子检测的阳性对照,适用于对小麦印度腥黑穗病菌的定性PCR和定量PCR检测,适合于口岸检验检疫、农业生产、植物保护等。