本发明提供了一种新的Bt二元毒素,包括Vip1Ac1和Vip2Ae3蛋白,所述Vip1Ac1蛋白具有SEQ ID No.3所示的氨基酸序列,或SEQ ID No.3所示的氨基酸序列经取代、缺失和/或增加一个或多个氨基酸且具有同等活性的蛋白,所述的Vip2Ae3蛋白,具有SEQ ID No.4所示的氨基酸序列,或SEQ ID No.4所示的氨基酸序列经取代、缺失和/或增加一个或多个氨基酸且具有同等活性的蛋白。本发明还提供编码上述蛋白的基因。本发明的二元毒素可以用于制备杀虫剂,所述基因可以转化水稻、玉米、小麦和蔬菜等农作物,使其具备相应的抗虫活性,从而降低农药的使用量,减少环境污染,具有重要的经济价值和应用前景。