本发明提供了一种玉米高F值寡肽饮料及其制备方法。以玉米蛋白粉为基础原料,添加饮用水,磨浆制成固形物含量为20%—25%的玉米蛋白浆料,将玉米蛋白浆料升温至55℃,按玉米蛋白浆料固形物重量的1—1.2%添加Neutrase 0.8 L 中性蛋白酶,保温水解后升温至100℃,保持20分钟,再冷却后按玉米蛋白浆料重量的5%接种二级枯草芽孢杆菌种子,保温、通风发酵后,再升温至100℃,保持20分钟,然后用板框过滤机过滤取清液,按清液的重量添加下列物质:柠檬酸1.2%,砂糖5%,乙酰磺酸钾0.01%,羧甲基纤维素钠0.2%,玉米香精0.1%,完全溶解后,经过均质、灌装、杀菌等工艺制成成品。