本发明提供了一种墨兰“唇瓣和花瓣萼片化”性状相关的功能性分子标记，所述功能性分子标记为M4wt或M4m，所述M4wt的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，所述M4m的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。本发明通过分离和比对多种墨兰品种中的相关基因序列，得到了在“唇瓣和花瓣萼片化”品种“绿云”与“太阳花”中有别于其他墨兰品种的1处功能特异性位点。基于这处位点差异设计了三条特异性引物：M4F1，M4F2和M4R。利用引物对M4F1+M4R和M4F2+M4R扩增墨兰基因组总DNA后进行琼脂糖凝胶电泳检测，可以快速鉴定“唇瓣和花瓣萼片化”的墨兰品种，本发明提供的方法对墨兰种质资源的鉴定和保护、分子标记辅助育种以及分子设计育种具有重要的价值和意义。
