本发明公开一种青稞专用根腐病防治菌剂及其制备方法。本发明所述菌剂,以重量份数计,原料组分主要由荧光假单孢菌Pseudomonas fluorescens Xp‑6菌株(CCTCC M 2018754)发酵液5‑10份、蜡样芽孢杆菌Bacillus cereus Xp‑4菌株(CCTCC M 2018751)发酵液5‑10份、短小芽孢杆菌Bacillus pumilus Xp‑5菌株(CCTCC M 2018752)发酵液5‑10份、腐熟的畜禽粪便40‑60份、有机膨润土15~20份、黄腐酸钾5~10份、腐殖酸5~10份组成。本发明所述菌剂绿色环保,其活性菌株耐低温、能适应青稞种植区高海拔、低温的环境,且在青稞根际存活良好,能高效拮抗多种植物病原菌,起到防治青稞根腐病的作用。此外,该菌剂中的活性菌株还具有溶磷、固氮、分泌植物激素等多种功效,能够促进青稞的生长。