The present invention relates to a composition for preventing, treating or improving graft-versus-host disease comprising a single clonal stem cell obtained through a layered culture of stem cells and a method for treating graft-versus-host disease using the same. According to the layer separation culture and proliferation method of the stem cells of the present invention, it is possible to obtain a desired large amount of single clonal stem cells in a short time through rapid proliferation of single clonal stem cells, and the single clonal stem cells obtained through this Since it is a stem cell having an increased effect of treating graft-versus-host disease, it can be usefully used as a treatment for graft-versus-host disease.본 발명은 줄기세포의 층분리 배양을 통해 수득되는 단일 클로날 줄기세포를 포함하는 이식편대숙주질환 예방, 치료 또는 개선용 조성물 및 이를 이용한 이식편대숙주질환 치료 방법에 관한 것이다. 본 발명의 줄기세포의 층분리 배양 및 증식 방법에 따르면, 단일 클로날 줄기세포의 빠른 증식을 통해 단시간에 원하는 단일 클로날 줄기세포의 대량 수득이 가능하고, 이를 통해 수득되는 단일 클로날 줄기세포는 이식편대숙주질환 치료 효과가 증대된 줄기세포인 바, 이식편대숙주질환 치료제로 유용하게 사용될 수 있다.