The present invention relates to an apparatus and a method of matching multiple fluorescent images in real time for a surgical microscope. More specifically, disclosed in the the present invention are an apparatus and a method of matching multiple fluorescent images in real time for a surgical microscope, capable of acquiring a fluorescent blood vessel image, in which the position of a blood vessel is marked with a first fluorescent material through the surgical microscope having a multiple filter, and a fluorescent glioma image, in which glioma is marked with a second fluorescent material, in relation to a procedure portion of a target into which the first and second fluorescent materials having mutually different excitation wavelengths and light emission wavelengths are introduced. The acquired fluorescent blood vessel image and the fluorescent glioma image are matched with each other in real time and displayed. Accordingly, a practitioner can more clearly recognize the position of the blood vessel and a boundary surface of the glioma.본 발명은 수술현미경용 다중 형광 영상의 실시간 정합 장치 및 방법에 관한 것으로, 상세하게는, 서로 다른 여기 파장대역 및 발광 파장대역을 갖는 제 1 형광 물질 및 제 2 형광 물질이 투여된 대상물의 시술 부위에 대하여 상기 다중 필터를 구비한 수술현미경을 통하여 제 1 형광 물질에 의하여 혈관의 위치가 표시되는 혈관 형광 영상을 획득하고, 제 2 형광 물질에 의하여 교종이 표시되는 교종 형광 영상을 획득하며, 획득된 혈관 형광 영상 및 상기 획득된 교종 형광 영상을 실시간으로 정합하여 디스플레이함으로써 시술자가 혈관의 위치 및 교종의 경계면을 더욱 명확히 확인할 수 있는 수술현미경용 다중 형광 영상의 실시간 정합 장치 및 방법을 개시한다.