The present invention relates to a shuttle system with which nucleic acids of interest may be imported into a mitochondrion. This system is based on the use of a fusion protein between a mitochondrial targeting sequence and a protein binding a nucleic acid of interest. This shuttle system is for example useful in agronomics, in the field of gene therapy, and within the scope of research products aiming at characterizing the function of mitochondrial genes.La présente invention concerne un système navette permettant d'importer des acides nucléiques d'intérêt dans une mitochondrie. Ce système est basé sur l'utilisation d'une protéine de fusion entre une séquence d'adressage mitochondriale et une protéine liant un acide nucléique d'intérêt. Ce système navette est utile, par exemple, dans le domaine agronomique, dans le domaine de la thérapie génique, et dans le cadre de projets de recherche visant à caractériser la fonction de gènes mitochondriaux.