本发明提供一种用于鉴定刀鲚和短颌鲚的引物和分子生物学方法,其中该引物包含扩增引物组和延伸引物组;所述扩增引物组的核酸序列如SEQ ID NO:1‑16所示,所述延伸引物组的核酸序列如SEQ ID NO:17‑24所示。该引物组合物能够有效用于刀鲚和短颌鲚物种的鉴定。该分子生物学方法步骤包括:构建待测刀鲚和短颌鲚SNP位点区域核酸测序文库,并对其进行测序获得测序结果;基于所述测序结果,确定所述刀鲚和短颌鲚SNP位点区域核酸序列;然后利用Structure2.3.2软件,绘制群体遗传差异的柱形图和个体遗传差异的柱形图,利用该分析判断物种种类。该方法步骤简便、准确、高效且费用低廉。