To provide a medical information processing system and a medical image processing apparatus capable of efficiently performing diagnosis with higher accuracy.A medical information processing system includes an acquisition unit and a control unit. The acquiring unit acquires an ultrasound image at the time of biopsy for collecting a specimen from the observation target, position information indicating a position of the ultrasound probe at the subject at the time of biopsy of the ultrasound image, and a position information And a reference image obtained by imaging the observation target. Based on the position information, the control unit generates association information in which the ultrasonic image at the time of biopsy is associated with the reference image, and outputs the generated correspondence information to the output unit.(FIG.【課題】より精度の高い診断を効率的に行うことができる医用情報処理システム及び医用画像処理装置を提供する。【解決手段】医用情報処理システムは、取得部と、制御部とを備える。取得部は、観察対象から標本を採取する生検時の超音波画像と、当該超音波画像の生検時における超音波プローブの被検体における位置を示す位置情報と、生検時以外の時点に観察対象を撮像して得られた参考画像とを取得する。制御部は、位置情報に基づいて、生検時の超音波画像と、参考画像とを対応付けた対応情報を生成し、生成した対応情報を出力部に出力させる。【選択図】図5