本发明公开了一种调节鱼类肠道健康的重组蛋白及其制备方法和应用,该重组蛋白为草鱼sFasL重组蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,编码上述蛋白的基因的cDNA序列如SEQ ID NO.2所示,含有上述蛋白编码基因的表达载体为重组质粒pGEX‑4T‑1‑sFasL。该重组蛋白的制备包括克隆草鱼sFasL蛋白基因、表达、纯化、复性。本发明重组蛋白具有很好的生物学活性和广泛的生物学功能,能够在短时间内显著改善肠道凋亡水平,降低鱼类肠道炎症因子的表达,显著缓解鱼类肠道炎症反应,有利于提高鱼类的抗病能力,可用于制备鱼类肿瘤坏死因子抗体,以及制备防治鱼类肠炎的药物或饲料添加剂,容易推广应用。