本发明公开了一种以vtaA9基因为靶点的引物组及其在副猪嗜血杆菌鉴别和诊断中的应用。本发明通过研究发现以vtaA9基因为靶点的PCR方法能够精确地区分具有不同致病力,同时定居于猪上呼吸道的H.parasuis和其相似的菌株A.indolicus,A.minor和A.porcinus。此外,本发明基于vtaA9基因序列,设计并合成了特异性引物,所述的引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1及SEQ ID NO.2所示。特异性实验表明,通过本发明的方法能够100%的完全区分H.parasuis和A.indolicus,A.minor和A.porcinus。敏感性实验表明,使用本发明的方法可以检测到不低于20CFU/ml和5pg/μl的基因组DNA。另外,以vtaA9为靶点的PCR方法对临床样品的阳性结果高于菌株的分离培养和经典的16S rRNA PCR方法。本发明的提出为副猪嗜血杆菌的鉴别诊断和流行病学监测提供了一种新方法。