本发明涉及分子生物学,具体公开了与玉米粗缩病抗性相关的KASP分子标记及其应用。所述分子标记定位于玉米第8号染色体上,命名为CSB‑2、CSB‑5、CSB‑6和CSB‑7。CSB‑2如SEQ ID NO.1所示,在第201bp处发生G→A的突变,碱基A为抗粗缩病玉米材料所特有;CSB‑5如SEQ ID NO.2所示,在第204bp处发生TTAAATAT的插入,插入片段为抗粗缩病玉米材料所特有;CSB‑6如SEQ ID NO.3所示,在第201bp处发生C→G突变,碱基G为抗粗缩病玉米材料所特有;CSB‑7如SEQ ID NO.4所示,在第101bp处发生SEQ ID NO.5所示序列的插入突变后,表现出玉米粗缩病抗性。本发明提供的与玉米粗缩病抗性相关的KASP分子标记可用于粗缩病抗病分子育种和玉米种质资源分析,同时具有成本相对较低和应用灵活性高的特点,可实现高通量检测。