The present teaching relates to method and system for aligning a virtual anatomic model. The method generates a virtual model of an organ of a patient, wherein the virtual model includes at least three virtual markers. A number of virtual spheres equal to a the number of virtual markers are generated, wherein the virtual spheres are disposed on the virtual model of the organ of the patient and associated with the virtual markers. A first position of the virtual spheres and the virtual markers is recorded. The virtual spheres are placed to coincide with physical markers disposed on the patient and a second position of the virtual spheres is recorded. A transformation of the virtual spheres and the virtual markers based on the first and second positions is computed and the virtual model of the organ is aligned with the patient based on the computed transformation.La présente invention concerne un procédé et un système pour aligner un modèle anatomique virtuel. Le procédé génère un modèle virtuel d'un organe d'un patient, le modèle virtuel comprenant au moins trois marqueurs virtuels. Un certain nombre de sphères virtuelles égal au nombre de marqueurs virtuels sont générées, les sphères virtuelles étant disposées sur le modèle virtuel de l'organe du patient et associées aux marqueurs virtuels. Une première position des sphères virtuelles et des marqueurs virtuels est enregistrée. Les sphères virtuelles sont placées de façon à coïncider avec des marqueurs physiques disposés sur le patient et une deuxième position des sphères virtuelles est enregistrée. Une transformation des sphères virtuelles et des marqueurs virtuels sur la base des première et deuxième positions est calculée et le modèle virtuel de l'organe est aligné avec le patient sur la base de la transformation calculée.