本发明公开了一种基于磁共振波谱和磁共振影像的放疗靶区勾画方法,该方法首先读取二维磁共振波谱和三维磁共振图像的头文件中定义的空间信息字段,通过坐标变换确定二维磁共振波谱体素对应于磁共振图像矩阵中坐标的集合;然后,根据波谱扫描成像区域(FOV,field of view)中所有体素中代谢物的值和位置信息,逐层修改对应的磁共振图像矩阵中的像素,并写回到原图像的DICOM文件;最后,将DICOM文件导入放疗计划系统,指导靶区勾画。本发明通过将磁共振波谱融合到三维磁共振图像,使文本存储的波谱代谢物数据以不同灰度的形式在磁共振图像上展现,为放疗靶区勾画增加了代谢信息,提高勾画精度,给肿瘤放疗临床医生开展放疗工作提供了技术支持。