Systems and methods are provided for aligning a first sequence and a second sequence. A gap vector is populated with a plurality of gap penalty values representing a respective plurality of locations along the first sequence, such that a first gap penalty value associated with a first location of the plurality of locations is different than a second gap penalty value associated with a second location of the plurality of locations. For each of a set of possible alignments of the first sequence and the second sequence, a score is generated representing the fitness of each possible alignment. The score for each possible alignment is determined according to at least a match incentive, a mismatch penalty, and the gap vector. Z possible alignment of the set of possible alignments having a best score is selected as an alignment between the first sequence and the second sequence.L'invention concerne des systèmes et des procédés pour aligner une première séquence et une seconde séquence. Un vecteur d'écart est peuplé d'une pluralité de valeurs de pénalité d'écart représentant une pluralité correspondante d'emplacements le long de la première séquence, de telle sorte qu'une première valeur de pénalité d'écart associée à un premier emplacement de la pluralité d'emplacements est différente d'une seconde valeur de pénalité d'écart associée à un second emplacement de la pluralité d'emplacements. Pour chacun d'un ensemble d'alignements possibles de la première séquence et de la seconde séquence, un score, représentant l'adéquation de chaque alignement possible, est généré. Le score pour chaque alignement possible est déterminé en fonction d'au moins une prime de correspondance, une pénalité de discordance et du vecteur d'écart. Un alignements possible de l'ensemble des alignements possibles présentant le meilleur score est sélectionné en tant qu'alignement entre la première séquence et la seconde séquence.
